El Proyecto Educativo Institucional (PEI) es la carta de navegación del Colegio Japón, en donde se especifican entre otros aspectos los principios y fines del establecimiento, los recursos docentes y didácticos disponibles y necesarios, la estrategia pedagógica, el reglamento para docentes y estudiantes y el sistema de gestión.

Su visión es Impartir una educación integral de calidad, con principios y valores, respetando la diversidad, desarrollando en los educandos el protagonismo de sus propios aprendizajes, con un enfoque en la implementación curricular, de acuerdo a las demandas de un mundo globalizado.

Su misión es Formar alumnos y alumnas comprometidos en sus aprendizajes, con sólidos principios y valores, para proyectarse con éxito a los desafíos de la vida.
Sus sellos formativos:

Sello 1 Formación de ciudadanos con conciencia social
Sello 2 Formación de hábitos de vida saludable, promoviendo el autocuidado.

Valores a desarrollar son:
Respeto, empatía, participación, lealtad, solidaridad, conciencia ecológica, responsabilidad.